河森さんの劇中劇設定では、元になった史実は時の権力者が都合よく捏造したりゼロみたいにヤバすぎて歴史から抹消された事実もあるという設定だし、Δでは新統合軍がカーライルの黒い嵐の真相を二重に捏造してたり、マクロスⅡでは情報の捏造や隠蔽、果ては真実を世間に発表しようとした記者を令状なしに逮捕拘束する権限持った統合政府腐敗の象徴とも言える「情報管理局」が出てくるから、マクロスⅡと矛盾するフラッシュバック・プラス〜Δでの該当部分は、マクロスⅡ時代の新統合政府に自分たちの都合が良いように隠蔽・改ざんされて、その改ざんされた史実を元にマクロスⅡというドラマが作られたと考えれば問題ない。

マクロスⅡは黒歴史と言われているが、移民しなかった設定などをどうにかすれば年表などに組み込むのはそれほど難しくない気はする。

移民しなかった設定の部分が他のシリーズと矛盾するから黒歴史扱いになっているのかもしれないが…。
河森氏も設定は楽しむためにあると言っているし、マクロスⅡの移民しなかった設定は劇中劇による脚色だったなどと解釈する方法もとれるかもしれない。